為了加強對醫院污水污物的控制和實施新的環境標準體系，相關部門根據《醫療機構水污染物排放標準》制定了醫院污水處理技術指南。例如梨園醫院這樣的綜合醫院應當執行二級處理工藝。　二級處理工藝流程為“調節池→生物氧化→接觸消毒”。如果廢水排入湖泊，則尾水需進一步深度處理。

醫院污水一般通過化糞池進入調節池調節池前部設置自動格柵機。調節池內設提升水泵，污水經提升后進入好氧池進行生物處理，好氧池出水進入接觸池消毒。

消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式，梨園醫院采用了二氧化氯發生器和紫外光交替消毒的處理工藝，達到了《醫院污水處理技術指南》中二級強化處理工藝流程要求。同時調節池、生化處理池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運降解處理。

梨園醫院廢水經處理后的水排入東湖，環評要求進行深度處理。格林公司將處理后的廢水結合人工濕地進行景觀處理，通過濕地中土壤、填料植物根系等對水中有機物和氮、磷等營養物質的滯留、吸附、降解作用，使出水達到地表水Ⅳ類標準。

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